生物信息学：围绕作物逆境生物学过程开展生物信息学研究，包括：（1）小麦、马铃薯、番茄、黄瓜、水稻等作物在生物和非生物胁迫下，组织中mRNA、lincRNA、miRNA及circRNA的鉴定、表达模式分析及功能注释，为候选基因挑选和作用机理研究奠定坚实基础；（2）小麦白粉菌、小麦散黑粉菌、链格孢菌及辣椒疫霉菌的三代全基因组测序工作。

植物-病原互作：小麦抗条锈病相关基因功能研究；马铃薯-晚疫病互作过程中circRNA的鉴定和功能研究；小麦白粉菌效应因子功能研究；小麦disease mimic相关基因功能研究。

非生物胁迫相关：硅缓解黄瓜盐胁迫过程中ERF转录因子功能研究、黄瓜盐胁迫下根系和叶片circRNA鉴定及功能分析、水稻盐胁迫下根系circRNA鉴定及功能分析。

生理过程相关：番茄果实成熟过程中circRNA功能研究。