1.   基于基因组de novo测序的丛赤壳科交配型相关基因鉴定及其系统学应用（No.31570022），国家自然科学基金面上项目，主持；

2. “中国晶杯菌科真菌分类及分子系统学研究（No.39900001），国家自然科学基金青年科学基金项目，主持；

3.   子囊菌部分类群DNA条形码的选择与评价（No.31070015），国家自然科学基金面上项目，第2主持；

4.   中国真菌志编研（No.39899400），国家自然科学基金重大项目子课题，参加；

5.   中国热带真菌资源、分类及多样性综合研究（No.39730020），国家自然科学基金重点项目，参加；

6.   长白山地区小型真菌的分类及系统学研究（1998. 8-1999. 8）， 中国—比利时国家科委合作项目，参加；

7.   江汉平原富营养化水体修复的微生物制剂研发与应用（2013BCB009），湖北省科技厅公益性科技研究项目，主持；

8.   新突发检疫性真菌病害鉴定（2010-2011），农业部全国农业技术推广服务中心项目，主持；

9.   子囊菌部分类群DNA条形码的选择与评价 （2009CDB362），湖北省自然科学基金项目，主持；

10.  真菌的基因组学研究（2008-2011），与Guelph大学教授合作项目，主持；

11.  氟喹诺酮类药物的生物降解研究（2004ABA255），湖北省自然科学基金项目，主持；

12.  真菌基因组研究及其应用（2009BFA014），湖北省国际交流合作项目，主持；

13.  双孢蘑菇的种植及示范推广（CXY2009A013），湖北省教育厅项目，主持；

14.  世界著名科学家来鄂讲学计划（2008），湖北省教育厅项目，主持；

15.  降解氟喹诺酮类药物的真菌筛选（2004Q002），湖北省教育厅项目，主持；

16.  湖北省教育厅项目“棉籽饼微生物脱酚研究”（1996-1999），主持；

17.  台湾产非孔型无褶菌类生物多样性资源调查与菌种保存（2002. 08-2003. 07），台湾“国科会”项目，参加。

1.       Tan XQ, J Zhao, GH Qiao, JJ Liu, T Hsiang, ZH Yu*, WT Qin*. 2022. Morphological characterization and pathogenicity of Colletotrichum aenigma and C. siamense causing anthracnose on Euonymus japonicus in Beijing, China. Plant Pathology  https://doi.org/10.1111/ppa.13681

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